摩梭人的原始宗教称为“达巴教”，与丽江纳西族的东巴教有密切联系，不过达巴教的发展比东巴教缓慢，其形态亦比东巴教原始，基本上保持着原始部落宗教的特征。达巴教因巫师达巴而得名，它没有系统的教义和经书，也无宗教组织和寺庙，只有几十部（回）口诵经，另有一种占卜经（俗称算日子书），是用32个不同形体的原始图画文字书写的。

    据研究，藏传佛教约在宋末元初从四川藏区传入宁蒗摩梭人地区，以后逐渐发展成为他们的主要宗教。最早传入的是藏传佛教的萨迦派（花教）和噶举派（白教），至清代传入格鲁派（黄教），由于受到当地封建统治者的扶持，格鲁派的势力和影响居各教派之首。永宁摩梭人的藏传佛教活动，受当地土司的管理，寺院上层僧侣不能参与土司的统治，政教是相对分开的。然而寺院的行政大权又必须由土司的直系亲属，一般由土司之弟掌握，并实行世袭制，使封建土司统治与宗教融为一体，相互利用，相互依存，但始终未形成政教合一制度。